Sistem elektroforesis terdiri dari dua komponen utama: Catu Daya dan Ruang Elektroforesis. Catu daya menyuplai daya. Yang dimaksud dengan “kekuatan” dalam hal ini adalah listrik. Listrik yang berasal dari catu daya mengalir, dalam satu arah, dari satu ujung ruang elektroforesis ke ujung lainnya. Katoda dan anoda ruangan inilah yang menarik partikel bermuatan berlawanan.
Di dalam ruang elektroforesis, terdapat sebuah baki--lebih tepatnya, sebuah baki pengecoran. Baki pengecoran terdiri dari bagian-bagian berikut: pelat kaca yang diletakkan di bagian bawah baki pengecoran. Gel disimpan dalam nampan pengecoran. "Sisir" seperti namanya. Sisir ditempatkan pada slot di sisi baki pengecoran. Sisir ditempatkan pada slot SEBELUM gel panas yang meleleh dituangkan. Setelah gel mengeras, sisir dikeluarkan. "Gigi" sisir meninggalkan lubang kecil pada gel yang kita sebut "sumur". Lubang dibuat ketika gel yang panas dan meleleh mengeras di sekitar gigi sisir. Sisir ditarik keluar setelah gel mendingin, meninggalkan lubang. Sumur menyediakan tempat untuk meletakkan partikel yang ingin Anda uji. Seseorang harus sangat berhati-hati agar tidak mengganggu gel saat memuat partikel. Gel yang retak atau pecah kemungkinan besar akan memengaruhi hasil Anda.